Il 25 luglio 1943 il Gran Consiglio del fascismo non rinnovò la fiducia a Mussolini, per cui il Re lo rimosse dalla guida del Governo e nominò al suo posto il Maresciallo Pietro Badoglio. L' 8 settembre 1943 il nuovo primo ministro Badoglio annunciò l'Armistizio, al quale seguì l'alleanza con USA, Inghilterra, Francia e Urss contro la Germania. Mussolini invece fondò la Repubblica Sociale Italiana a Salò, continuando la sua alleanza con Hitler e chiamando la popolazione a combattere per la causa nazifascista. 

La scultura lignea di Claudio Maccari, posta al centro della stanza dell' 8 settembre e composta da frecce che indicano diverse direzioni, simboleggia la difficoltà di scelta che si impose a tutti gli italiani: rimanere fedeli al fascismo o combattere nella Resistenza a fianco degli alleati. 

Il 23 gennaio 1944, 25 fortezze volanti sganciano su Siena 300 bombe: i morti sono 24, viene colpita la Stazione e distrutta la basilica dell’Osservanza. Il 29 gennaio è la volta di Poggibonsi: 104 bombe cadono sulla città, uccidendo 72 persone e distruggendo la stazione e il quartiere dei  Fossi.